任何手术无论大小，无论再发达的技术，也都会存在一定的风险的产生，所以首先要做好一定的心理准备。
至于术后的后遗症，对于不同的术式，其后遗症的表现也不仅相同，但常见的如下：
1.角膜瓣的问题
手术后，有关角膜瓣的问题包括：角膜瓣位置、起皱折或折叠；这些问题通常在LASIK后24小时内，上皮还未盖过切口前发生。
所以，病人睡觉时应戴上保护眼罩，这样可以预防他搓揉或压迫到眼睛。如果病人觉得很不舒服，而且眼睑也会磨擦到上皮伤口的话，可以装配抛弃式隐形眼镜保护伤口，直到上皮层恢复正常。所以手术后24小时，病人要做第一次复诊检查，如果有视力模糊、眼睛红、痛或分泌物时，要立刻至医生处就诊。
2.矫正不足或过度矫正
手术后仍残留近视，或是超过预期的矫正度数变成远视，是最常见的副作用，视情况可于度数稳定后再次矫正。
3.畏光
在手术后3至6个月内，会出现明显的畏光反应，但多会在6个月后逐渐消失，也有部分病人会持续下去。
4.眩光或复视
手术初期较常见，尤其夜间瞳孔变大较会产生，大部分会慢慢消失，只有少部分会持续下去。
5.上皮愈合不良
多见于早期的PRK手术，可用治疗性隐形眼镜及人工泪水帮助复原。
6.角膜瓣下杂质或表皮入侵
轻微者不影响视力，严重者须翻开角膜瓣将其去除。
7.感染
因手术或术后不洁，使伤口受到病菌感染，这种感染机率较低，只要早期发现，多数可用药物控制。
8.干眼症
术后泪水分泌会减少，可能产生干眼症状或使得原本干眼的人症状加重，须补充人工泪水治疗。
9.皱纹
可能肇因有数个，其一医生手术切割角膜瓣太薄，另有可能为患者自身不自觉揉搓眼皮造成，三为不正常愈合，四为医生本身盖回上盖时动作不正确。
无论成因为何，均要立刻掀开角膜瓣重新润滑整理平整盖回，症状为病人感觉视力突然恶化，需请医生立刻找出原因，若等到角膜瓣愈合后，即形成永久性皱纹。
10.中心小岛
手术后一个月，角膜可能会有中心陡化的趋势形成中心小岛(central steepening)，角膜中心1.5mm的区域内，有1.5D以上的陡化现象，即定义为central islands。
症状包括鬼影或单眼双影。医生可能会在三个月后，再使用激光来治疗这些区域。
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