楼上说的不错，但并不全面——“绿赤”这对CP名并不一定指特别篇角色（小绿和小赤），也可能指游戏角色（青绿和赤红）。
（游戏《太阳/月亮》中已经长大成人的赤红与青绿）
特别篇漫画主角的共同特征是“以游戏主角为原型，但与游戏主角并不完全相同”。同时为了与游戏角色区分开，统一使用游戏版本作为名字。例如，游戏《红宝石/蓝宝石》的男女主角是祐树和小遥，在特别篇中的对应角色就是路比和沙菲雅（红宝石和蓝宝石的音译）。
这是ORAS游戏的祐树和小遥
这是特别篇漫画的路比和沙菲雅
而好巧不巧的是，初代游戏的主角也使用了游戏版本命名，即赤红和青绿。这就导致了和特别篇不仅撞脸连名字也撞了。而游戏中这两位也颇有CP感，同样产生了绿赤这对CP。因此看到赤绿的图如果不仔细观察根本看不出是游戏还是特别篇。。
至于小智和小茂，同样是“以游戏中的赤红和青绿为原型”而设计出的角色。需要注意的是，部分粉丝非常反感把游戏/漫画/动画角色混为一谈，因此建议题主在神奇宝贝百科搜索一下这几人的相关资料，多了解一下。
题主觉得这已经不是你认识的神奇宝贝了，这很正常，因为你根本没有真正认识过精灵宝可梦（神奇宝贝的官方译名）。这是一个以游戏为核心，横跨动画漫画卡牌周边等各个方面的庞大IP，总营收已经名列历史第一，其世界观设定十分庞大，绝大部分路人粉都只是看到了冰山一角。
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