亲子鉴定的原理是利用遗传物质（DNA）来确定个体的亲子关系。在受精过程中，精子和卵子都会随机选择一半的DNA遗传物质进行组合，形成新的个体。
因此，每个人的DNA遗传物质都是一半来自母亲，一半来自父亲。通过对比样本中的DNA序列信息，可以判定两个个体之间的亲子关系。
目前国际上通用的DNA检测标记主要是细胞核STR分型检测。
STR（Short Tandem Repeat），即短串联重复序列。是指存在于人类基因组DNA中的一类具有长度多态性的DNA序列，其核心序列一般由2个～6个碱基构成，由于核心序列重复次数的不同致个体间存在差异。通过对这种核心序列重复次数的检测，就可以明确区分不同的个体，确定亲子关系。
在拿到亲子鉴定报告后，首先看检测结论会显示两个样本是否符合亲子关系。
在基因座位点列表上，孩子的两个等位基因必定要有一个和父亲的相同，比如孩子在某个基因座上的等位基因为（17，19），而父亲在对应基因座上的等位基因是（16，17）；那他们都有一个共同等位基因17，说明在这个基因座上是匹配的。只要基因座的STR位点均匹配，那么可判断检测的两个样本符合亲子关系。
假如孩子某个基因座的数据为（17,24），这个17和24，父亲在对应的基因座上都没有，说明来自其他人，也就是说在这个基因座上，被检父和孩子不符合遗传定律。其他位点的道理一样，通常有三个及以上位点不符合，那么就可以直接排除他们之间存在亲子关系。
