戊辰战争以后，为纪念为尊皇讨奸而战死的人，建立的东京招魂社，幕府军一方战死的人都不允许进入。所以名义上是纪念为国尽忠者，实际上是纪念为天皇尽忠者。
建立十年后由明治天皇改名为靖国神社，能统计到的每个战死者都供奉在靖国神社里，规模很大，比如西南战争战死的政府军六千多人全部供奉在神社里，这种很能鼓舞士气，有种死后被后人铭记的纪念感，契合当时东亚道德观念，所谓嬴得生前身后名。
之后甲午战争日俄战争之类的对外战争战死者也都供奉在这里面，因为台湾在被清朝割让给日本以后，台湾人还坚持抵抗很久，给日本军队造成巨大伤亡，明治天皇拒绝让台湾人参拜靖国神社，二战时日本才允许。
供奉其中的牌位来源战争最多的是太平洋战争，第二是侵华战争，第三是日俄战争。
天主教徒一度拒绝参拜靖国神社而被当时的军国主义日本政府关注，罗马教廷为保护教徒而建议日本天主教徒可以在爱国主义情怀下参拜靖国神社。二战结束后麦克阿瑟计划烧毁靖国神社，结果天主教神父们贯彻当年教廷指导，认为世界上所有民族都有纪念战死者的习俗，战败国也应该享受平等，麦克阿瑟因此作罢。
麦克阿瑟改革让日本政教分离，靖国神社不再归日本政府，而归宗教团体私人运营。因此出现了另一个情况，就是日本原本规定远东军事法庭起诉的战犯不允许进入靖国神社，但宗教团体偷偷摸摸把一些战犯带了进去，昭和天皇为此感觉被冒犯，而从此不再参拜靖国神社，1975年以后日本天皇都不再参拜，改为经厚劳省组织，在东京武道馆纪念为国战死者。
很多欧洲右翼政党参拜了靖国神社，比如奥地利自由党，葡萄牙国家复兴党，法国国民阵线，英国国民党，全乌克兰联盟之类的。
靖国神社目前的管理者非常民族主义化，指责美国诱导日本发动珍珠港袭击，指责中国人黑他们的网站。
对靖国神社伤害最大的是韩国人，2013年9月21日一名在日韩国人在靖国神社泼洒易燃液体，被日本警察逮捕。还有中国朝鲜族人，2012年一男子在靖国神社纵火后前往韩国，在日本驻韩大使馆再次纵火。2015年又一个韩国人在靖国神社男厕制造小规模爆炸。
靖国神社牵扯到台湾原住民问题，2009年8月11日台湾泰雅族前往抗议。
靖国神社目前年度预算一亿多人民币，主要来自于老兵和家属和供奉者后代，但财务越来越困难。
热比娅2012年5月14日参拜了靖国神社。
