我认为calibre已经是足够好的解决方案。楼主的问题可以这么理解：
1. 运行速度。我理解因为是跨平台用python开发的工具，速度上会慢一点，但兼容性会更好。
2. 更新。因为bug所以经常更新，这不是好软件应该做的吗？你可以选择不更新。
3. 改名和存储。因为开发原因，中文书名修改成拼音，这个必须接受啊。自己可以选择文件夹目录方式保存，这点类似itunes。
4. 标签。既然是靠数据库维护的书库，只能再calibre内部实现标签，否则可以选用资源管理器一级的tag管理工具，搜索一下应该有的。
5. 打开阅读器速度。这个可以选其他工具，如果有的选。windows下可以关联ebookviewer，也很方便。
