高斯奥特曼的后续剧情主要围绕TV大结局的哲学性收束及剧场版的独立冒险展开，未延续TV版结局后的连续性故事，核心情节如下：
高斯奥特曼与混沌病毒（卡欧斯黑暗）的最终决战发生在月球。混沌病毒声称其破坏行为旨在“重建宇宙秩序”，但因吸收过多憎恨与怨念而彻底失控，成为纯粹的毁灭象征。高斯在能量极度虚弱的状态下，借助索阿古矿石的能量增幅和混沌破坏酵素导弹的针对性攻击，最终击败混沌黑暗。然而，高斯因能量耗尽，身体化为宇宙星尘消失，仅在消失前将武藏送回日普队长的战机。地球范围内未再检测到混沌病毒反应，标志着这一威胁的暂时终结。
大结局通过高斯的“消失”强化了其核心主题：温柔与仁慈的力量超越传统正义与邪恶的对立。混沌病毒虽以“重建秩序”为名，却因不尊重生命本质而失败，反衬出高斯“以慈爱之心制衡强大力量”的价值观。这一理念也与神秘四奥的设定形成呼应——雷杰多奥特曼和赛迦奥特曼的融合均需高斯参与，进一步凸显其作为“调和者”的独特定位。
2002年上映的剧场版《高斯奥特曼2：蓝色星球》为独立故事线，与TV版结局无直接关联。剧情讲述武藏受命调查朱兰行星时，遭遇斯克匹斯袭击，后与杰斯提斯奥特曼联手击败圣德罗斯派来的敌人，成功守护地球生态再生计划。该剧场版通过平行叙事，展现了高斯在不同时空中的冒险，但未延续TV版结局后高斯消失或混沌病毒复活的设定，属于独立的扩展内容。
综上，高斯奥特曼的“后续剧情”以TV大结局的哲学性收束为核心，通过剧场版拓展其宇宙观，但未形成连续性故事线。
