阎崇年的早年学术研究活动，和05年前后给《百家讲坛》讲述“正说清十二帝”的经历，必须分开看。正应了一句话“闻道有先后，术业有专攻”，作为史学家，也不可能对古今中外所有的历史问题全知全懂，阎崇年也如此。阎先生虽然是研究清史，但实际上，他在这一领域最拿得出手的，是清初这个时期，尤其是以明代东北女真各部发展、建州女真崛起、后金建政这几部分为核心的“清入关前历史”研究。在这一领域，他可以说是国内硕果丰厚、数一数二的专家。俗话说“著作等身”，阎崇年早年，也有一系列兼顾专业与大众通俗的、同时具有深度扎实研究成果的著作，有一些能代表其成就的奠基作品，如1983年出版的《努尔哈赤传》。
《努尔哈赤传》不但有深度、有丰富的干货，而且观点也非常中肯：对努尔哈赤和后金政权在1621年，占领辽河下游平原的广大汉族聚居区后，以自己落后的社会制度、狭隘的部落首领思维，对广大辽民当实施野蛮、错误的统治方式，由此造成的惨痛人祸，都有非常详尽具体的介绍，而且明确对此表示了批评和否定的态度。
阎崇年后续的专业史学作品，也保持了这个论调。可以这么说，作为一个专业历史研究者，他是合格的，有出色成就的。
至于2005年后，他作为《百家讲坛》主讲人，在这个节目中对公众传播的内容与观点，一定要另看。因为《百家讲坛》不是专业史学讲坛，他只是一个打着“社会科学”旗号的通俗电视节目。关于《百家讲坛》的定位与社会功能，我从还在SC论坛时就澄清过，在知乎也专门写过一个答案：看百家讲坛和看书，哪个好一点？ - 秋原的回答 - 知乎
请注意，既然他只是通俗节目而不是专业社会科学讲坛，那么《百家讲坛》的栏目制作人，就不要求主讲人的内容符合科学研究精神与范畴，而是重点突出其内容的“话题性”，即播出后在社会上能否造成更大的影响力，有更高的收视率。既然如此，他就会本真“找典型、找噱头”的原则，对主讲人和其主讲内容，做挑拣甚至歪曲，做片面突出性的宣传。
比如说易中天讲《三国》，真正的历史流程里，“三国”只是东汉末年，中央势微，割据势力形成后，在随后西晋重新实现统一前的一个短暂的历史时期。但是经过历代文人对三国题材文艺作品的创作，导致老百姓对“三国”的话题最感兴趣，社会关注度最高。所以《百家》的制作人找易中天讲《三国》，从一开始就不是专业史学角度去出发，而是通俗娱乐，只不过这个通俗娱乐很悠久，显得很严肃而已。
那么，阎崇年的“正说清十二帝”也类似。《百家》的制作人只会要求他用最简单通俗的语言，对清朝十二帝做大致轮廓的勾勒，还要故意找出许多有话题性的“趣闻、悬案”掺杂其中，并回避清朝在民族问题、社会问题上的种种弊政。何况阎崇年上这个节目时，年过70，属于退休后没事，在社会上各种社交活动。
所以说，评价阎崇年，不能单单只以他在《百家讲坛》上的言论作为依据，而是要看他以前在专业史学领域的成就~
