南京市金陵中学仙林分校中学部创建于2014年，是由栖霞区人民政府、仙林大学城管委会、南京市教育局与南京大学四方合作创办的区属公办初级中学 。2023年7月，原南京市花园中学正式挂牌为该校龙潭校区，形成“一校两址”办学格局，同时更名为“南京大学金陵初级中学” 。2023年，学校通过与金陵中学教育集团的深度合作，实现了管理模式、课程体系、教师培训、质量评估“四个统一” 。2024年11月，学校举办了建校十周年教育教学成果汇报活动 。
该校于2017年获评全国青少年校园足球特色学校 ，2022年入选江苏省文明校园（中小学）名单 ，2023年入选江苏省中小学思政育人特色学校，同年学校党总支“‘融·He’温暖党建”获评南京市第三批中小学校党建文化品牌示范点 。
学校秉持“让教育更完整,让生命更温暖”的办学理念 ，传承金陵中学“诚、真、勤、仁”校训，以培养“具有国际视野与中国情怀的中学生”为目标，实施均衡分班制度并开设分层课堂与多元选修课程 。两校区在德育、教学、师资等方面实行一体化管理，设立劳动教育课程基地并开展法治教育基地共建活动 。
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