2023.12更新：
目前宝可梦朱紫及零之秘宝的大部分内容业已更新完毕，重新整理一下。
概念上，目前比较官方的说法是“特别的宝可梦”，在其内部进一步细分，并且按“排位对战是否限制使用”再进行细分。具体如下：
特别的宝可梦
第一世代：急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟（伽勒尔）、闪电鸟（伽勒尔）、火焰鸟（伽勒尔）
第二世代：水君、雷公、炎帝
第三世代：雷吉艾斯、雷吉洛克、雷吉斯奇鲁、拉帝亚斯、拉帝欧斯
第四世代：由克希、艾姆利多、亚克诺姆、席多蓝恩、雷吉奇卡斯、克雷色利亚
第五世代：勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁、龙卷云、雷电云、土地云
第六世代：无
第七世代：属性：空、银伴战兽、卡璞：鸣鸣、卡璞：蝶蝶、卡璞：鳍鳍、卡璞：哞哞
第八世代：熊徒弟、武道熊师、雷吉铎拉戈、雷吉艾勒奇、雪暴马、灵幽马、眷恋云
第九世代：古简蜗、古剑豹、古鼎鹿、古玉鱼、够赞狗、愿增猿、吉稚鸡、厄诡椪
第一世代：超梦（含X/Y Mega超梦）
第二世代：洛奇亚、凤王
第三世代：盖欧卡、固拉多、裂空座（含原始回归形态和Mega形态）
第四世代：帝牙卢卡、帕鲁奇亚、骑拉帝纳
第五世代：莱希拉姆、捷克罗姆、酋雷姆
第六世代：哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔、基格尔德
第七时代：科斯莫古、科斯莫姆、索尔迦雷欧、露奈雅拉、奈克洛兹玛（含日月神合体形态和究极奈克洛兹玛）
第八世代：苍响、藏玛然特、无极汰那、蕾冠王（含骑白马和骑黑马的样子）
第九世代：故勒顿、密勒顿、太乐巴戈斯
不限使用：无
限制使用：
第一世代：梦幻
第二世代：时拉比
第三世代：基拉祈、代欧奇希斯
第四世代：霏欧纳、玛纳霏、达克莱伊、谢米、阿尔宙斯
第五世代：比克提尼、凯路迪欧、美洛耶塔、盖诺赛克特
第六世代：蒂安希、胡帕、波尔凯尼恩
第七时代：玛机雅娜、玛夏多、捷拉奥拉、美录坦、美录梅塔
第八世代：萨戮德
第九世代：桃歹郎
不限使用：
第七世代：虚吾伊德、爆肌蚊、费洛美螂、电束木、铁火辉夜、纸御剑、恶食大王、毒贝比、四颚针龙、垒磊石、砰头小丑
限制使用：无
不限使用：
第九世代：雄伟牙、吼叫尾、猛恶菇、振翼发、爬地翅、沙铁皮、铁辙迹、铁包袱、铁臂膀、铁脖颈、铁毒蛾、铁荆棘、轰鸣月、铁武者、波荡水、铁斑叶、破空焰、猛雷鼓、铁磐岩、铁头壳
限制使用：无
不限使用：月月熊-赫月（待定）
限制使用：皮丘-刺耳、甲贺忍蛙-羁绊变身、花叶蒂-三色
第一世代：肥大
第二世代：班基拉斯
第三世代：暴飞龙、巨金怪
第四世代：烈咬陆鲨
第五世代：三头龙
第六世代：黏美龙
第七时代：杖尾鳞甲龙
第八世代：多龙巴鲁托、黏美龙（洗翠形态）
第九世代：戟脊龙
原答案留作纪念：
2017.2.9更新第七世代高票的图很漂亮
实际上口袋妖怪的神兽可以分成几大类：第一是主神兽，从第二世代开始，基本都出现在游戏封面上，基本剧情都能捕捉，但第三世代后非资料片版本大多另一个版本对应的封面神是抓不到的（不计复刻），种族值六维一般不等，种族值和一般在660-680，分别是（翻译大多为音译，可能并非官方翻译，如有官方翻译的大神请指示）：第一世代：超梦第二世代：路基亚、凤王第三世代：海皇牙、古拉顿、裂空座第四世代：迪亚鲁加、帕鲁奇亚、骑拉帝纳第五世代：烈希拉姆、捷克罗姆、酋雷姆第六世代：哲尔尼亚斯、伊维塔尔、基格尔德第七世代：索尔迦雷欧、露奈雅拉、（奈克罗兹玛待定）
第二是二级神，大多以三个并列的形式出现，其中水君在第二世代还登上过游戏封面，可谓特别待遇了（尽管真实原因是Nintendo没有事先预计到水晶版的发行）：大多种族值和在580。除了第一世代的三鸟可以比较顺利地在通关前全部入手，后面的三神兽就开始蛋疼了，第二世代的三神满地图跑，第三世代的倒是不跑，但不看攻略谁想得到解密他们所在地的方法，第四世代可以直接抓俩，第三个满地图跑，可是三圣菇的存在感也弱得不行；第五世代直接就单版本无望集齐三基佬了。第一世代：急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟第二世代：水君、雷公、炎帝第三世代：雷吉艾斯、雷吉洛克、雷吉斯奇鲁第四世代：由克希、艾姆利多、亚克诺姆第五世代：雷电云、龙卷云、土地云/毕力吉翁、勾帕路翁、代拉基翁第六世代：无第七世代：卡璞-鸣鸣、卡璞-鳍鳍、卡璞-哞哞、卡璞-蝶蝶、虚吾伊德、费洛美螂、爆肌蚊、铁火辉夜、电束木、纸御剑、恶食大王
第三是幻兽，从第一世代的梦幻开始，其实梦幻当年是个废案，只是制作人舍不得彻底删除才把它的数据塞进了某个角落，结果关于梦幻的都市传说却流传于很多口袋玩家之中，官方于是沿袭了这种营pian销qian思路，每世代都加入幻兽，这些幻兽一般具有水桶身材（其种族值六维一般相等），并且在游戏中基本没有正常途径可以获得，需要购买剧场版电影票等方式等待官方配信：第一世代：梦幻第二世代：雪拉比第三世代：基拉祈第四世代：菲奥娜-玛娜菲、谢依米、阿尔宙斯第五世代：比克提尼第六世代：无第七世代：无
其他神兽，一些独立的神兽，大多只能通过剧情或配信，而不是野生或NPC交换获得，其特点与种族值又不符合以上各组，有的分类将这一类归入幻兽行列，因为他们常有600的种族值和，但并非水桶身材。从第三世代的代欧奇希斯开始，这一类进入井喷时代，从此以后图鉴上单靠单机和国内朋友交换不能完成的图鉴越来越多：第一世代：无第二世代：无第三世代：拉迪奥斯、拉迪亚斯、代欧奇希斯第四世代：席多蓝恩、科雷瑟利亚、达克莱伊、雷吉奇卡斯第五世代：玫洛艾塔、凯尔迪奥、盖诺赛克特第六世代：蒂安希、胡帕、波尔凯尼恩第七世代：玛机雅娜、玛夏多================================以上可以看出，第四世代和第五世代真是神兽井喷的两个世代。
此外还有准神，准神在游戏中一般可以抓到野生的，但培养较为困难，进化等级很高，一般拥有600的种族值，多带有龙系，在图鉴的位置有时比二级神还要靠后。有的还具有四倍弱点，很多是四天王或冠军的宠儿。
第一世代：肥大
第二世代：班吉拉斯
第三世代：报废龙、巨金怪
第四世代：烈咬陆鲨
第五世代：三头龙
第六世代：黏美龙
第七世代：杖尾鳞甲龙
