题主的两个进化树是不一样的呀。
进化树的枝排布，枝长都是可以自己调节的。我只是猜测，图例下面没有注释只是看到了就这么理解。
第一棵树，物种没有都排到一竖行上，下方没有比例尺，说明这个树只是物种之间的亲缘关系比较，物种之间连接短说明亲缘近。第二棵树的末端是在同一竖行上，说明所有物种都是现在存在的实际测序的，那么这个fossil calibration就主要看分节点，分节点代表歧化时间，末端枝长没有意义。
关于进化枝，你可以自己设定他的分布方式。关键信息在于这两篇论文里面 关于枝长设置和进化树节点的信息
