到今年正好做了10年餐饮行业了，而且题主正好说到重庆，那我算是比较有发言权了。加上春节后要开业一家小馆子，说说感受吧。
首先苍蝇馆子的定义是什么？字面来看就是苍蝇横飞，卫生极差的街边小店。但现在通常也把没什么装修和服务、但是卫生做得比较好的餐馆统称苍蝇馆子。
对于川菜来讲，因其百菜百味的特点，造就了只需精通一个菜品即能打天下的格局。常见的花椒鸡，水煮鱼，甚至火锅等等都是一菜走天下。因此民间一菜高手比比皆是。不夸张的说每家每户都有一两道菜可以做到堪称大师水准。所以低成本、家庭作坊式的单菜店更是大量涌现街头。
对于卫生要求，并不是做不到。只是一切以盈利为目的的经营活动必然是死扣成本的。既然监管不强行要求，为什么要花过多成本在卫生上呢。所以街边店的经营更多的是靠良心而不是监管。至少在重庆会有大量卫生条件不好但味道绝佳的餐馆存在。
另外，以我个人的标准来看，“整洁”绝对是一个意思。即整理得整齐的店一般卫生不会差，乱的一定会脏。
至于要不要去这种地方吃饭？至少目前来看，如果划掉这些店，你会错过很多美食。
