笔者认为《日本汉字的汉语读音规范（草案）》（下称《规范》）有可取之处，但有些细节地方可以适当优化一下。
例如老生常谈的「喰」读「shí」还是「cān」的问题。
另外，很多答主都回答了有关日本汉字的普通话读音问题，笔者不妨也一并回答有关粤语的读音问题。
日文中使用的汉字。包括日本自造汉字、中日同形字、中国古字或俗字和日本略字。
下文详述具体四种类别的分类标准及拟音原则。
日本仿照汉字造字原理和结构体式自造的日本汉字。
中文无此字。
取“声旁”的读音。
日本汉字中跟中国已有的某一汉字字形相同，但字义没有关联或相去甚远的汉字；或字形虽为汉语字词书所收录，但无义项，无法进行字义比较的汉字。
中日皆有此字，字形相同，但字义不同或无法比较。
《规范》中的拟音原则是取同形的中国汉字读音，但实际上考虑到中日两种语言中字义未必相同，此处应按照日语词源拟音；当词源不明确时，可参考日本自造汉字的拟音原则处理，取“声旁”的读音。
例如，「喰」日语中意为「进食」，与「餐」的异体字「喰」字义无关，取同形的中国汉字读音会造成混乱，令人误以为是字义上有所关联。因此，宜按照日语词源拟音而非直接套用同形的中国汉字读音。
中日皆有此字，属古今字或异体字关系，字义相同。依据现有字词书判定为中国古字或俗字。
按中国汉字读音。
对于中日字义不同的字，如「俣」（分叉处）和「俁」（俁，容貌大也），不宜作中国古字或俗字处理，应按中日同形字处理。
简而言之，对于中国古字或俗字这一分类，本文与《规范》处理方法不同。字义相同的，仍归类于中国古字或俗字；字义不同的，重新归类为中日同形字（与中国古字或俗字字形相同的日本汉字）。
跟今字记录同一语词，但为古时通行的字形。
跟正字记录同一语词，但没有取得规范地位的字形。
日文所用汉字中的简体字，包括日本自造的简体字和取自中国古字或俗字的简体字。
日本使用的不同于中文汉字字形的简体字。中日字形不同，但有对应关系。翻译成中文时需要转写为相应的繁体字。
按（与日本简体字相对的）中文繁体字读音。
有了上述修订过的术语定义与拟音原则，不妨尝试重新拟定日本汉字相应的普通话和粤语读音，并将其与《规范》里的拟音进行对比。
表格大致将日本汉字分为四类，日本自造汉字、中日同形字、中国古字或俗字和日本略字。
注意，此处的对日本汉字的归类与《规范》有少许不同，对部分字的归属作出了调整。
大陆《草案》：大陆《日本汉字的汉语读音规范（草案）》
香港《拼音表》：香港《电脑用汉字粤语拼音表》
[1] 取「韵（匀）」的音
[2] 投物井中的声音，日语用「丼」的此义作为拟声词「どんぶり」的汉字（擬音語の「どんぶり」に当てられ)
[3] わく来源为「籰」「籆」「篗」的音读。篗，王缚切。
[4] 考虑到日语有从「励」、「蛎」类推的惯用音レイ，用于「来栃」「帰栃」等词，可从之。（「来栃」「帰栃」などの文章上で用いられる栃木県の往来表現の読み方について、励や蛎などの漢字から類推して「レイ」の読みが与えられることがある。）
[5] 「栂」有惯用音 「バイ」，与梅的汉音 「バイ」同，可从之。
[6] 取𠧗（⿱上下）的音。《康熙字典》有收𠧗（⿱上下），同「弄」，宜取𠧗（⿱上下）而非「卡」。
[7] 中日字义不同，按中日同形字处理，取「吴（吳）」的音。
[8] 汉语无义可对比，按中日同形字处理，取「下」的音。
[9] 中日字义相近，可按中国古字或俗字处理，取「硲（峪）」的音。
[10] 中日字义不同，按中日同形字处理，取「眞」的音。
[11] 合字，应与「粁」「瓩」「竏」处理方法相同。
本回答基于笔者另一篇文章试拟《日本汉字的粤语读音规范（草案）》，增加了普通话拟音的部分。
笔者水平有限，如有错漏，欢迎交流指出。
