这种美美的叶绿体基因组分析应该怎么做？今天带大家了解一下植物质体基因组的组装（叶绿体是质体的一种）。
叶绿体基因组是一个双链环状DNA分子（质体DNA分子，cpDNA），在植物中一个叶绿体含有12个这样的cpDNA分子。
叶绿体基因组属于细胞器基因组，基因组较小，一般在150~160kb左右。它一般由四个部分组成，包括一个LSC、一个SSC以及两者之间的两个IR区。
由于IR区域的存在，因此叶绿体基因组具有四分体结构，并且有多种构象。
要注意，需要用基因组测序文件，不要用转录组测序文件，具体原因后面会知道。基因组测序文件可以是自己测序得到的，如果没有不妨在NCBI或者其他数据库中下载下来。
根据注释，基本可以确定是基因组测序，所以可以通过这个SRA号进行下载，然后把sra文件转化为fastq文件，就可以进行下一步分析。测序文件较大，在网页上下载是非常缓慢的，因此可以通过FTP或者NCBI提供的下载工具进行下载。这里推荐使用sra-tools中的prefetch命令下载。具体方法可以参照上一篇分析推文，具体不再阐述。
上一篇推文：高通量测序后，怎么进行SNP/InDel分析？
这里也推荐我们国家的数据库提供的测序数据，这个数据下载后就是fastq文件，不需要转化，推荐用FTP方式进行下载。
下载网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA011783
这个软件可以一键组装细胞器基因组。进入Linux环境（先安装miniconda），为了避免各种安装包的冲突，创建一个新的conda环境用来单独下载叶绿体基因组分析所需软件。
当出现以上这些文件的时候，证明分析已经完成，而且已经成功组装成环。当出现complete的时候才是成功组装的，如果出现scaffolds则证明组装失败，需要自己优化参数（-R、-w、-k）。
注意：如果无法成环，首先考虑fastq文件是否为基因组测序数据，如果是其他测序数据（可能用了RNA-Seq数据）就会组装失败。除此之外，若有多个样本的fastq文件，可以检查一下组装时候，输入的双端测序数据是否配对，有可能用了第一个样本的.1.fastq和第二个样本的.2.fastq，这样也是报错的。
如果排除了以上问题还是无法成环，则需要优化参数，详情在后期推文中再进行讲述，欢迎持续关注该公众号。
下载地址：https://rrwick.github.io/Bandage/
下载相应的版本，解压后，直接点击运行。
点击load graph，
导入gfa文件，
点击draw graph，即可看到界面出现组装好的质体基因组图。
除此之外，还可以把分析中的csv文件导进去，重新点击Draw graph，并调整就可以看到每个部分的注释信息。
以上是叶绿体基因组组装的过程，最重要是拿到基因组fasta序列文件，后续需要它用来做基因注释。怎么做叶绿体基因组注释？一般情况下它不像注释核基因组那么复杂，有现成的网站可以使用，关于叶绿体基因组注释我们下期再说。
苏点点的知识星球：欢迎来到苏点点的知识星球。在这里，你能学到： 茶叶科学专业知识； 生物信息学技能； 了解茶业最新动向； 苏点点的个人见闻等等。 感谢你的支持！
